Геном картошки намного сложнее человеческого, но и он наконец расшифрован

Сложный геном картофеля долгое время ускользал от секвенирования, но теперь он полностью расшифрован, что поможет выведению новых сортов этой продовольственной культуры.

Картофель наследует не по одной копии хромосомы со стороны каждого из родителей, как люди, а удваивает их. В результате у него по паре копий каждой хромосомы от обоих. В этих четырех вариантах отдельные участки могут не совпадать, поэтому реконструировать геном картофеля было намного трудней, чем геном человека.

В кёльнском Институте М. Планка исследования селекции растений генетикам удалось преодолеть это препятствие, взяв ДНК не из ткани листа, как обычно, а анализируя геномы отдельных клеток пыльцы. В каждой из них не по четыре, а лишь по паре копий хромосомы, что значительно упростило реконструкцию и позволило команде расшифровать все 3,2 миллиарда пар оснований генома картофеля.

Исследователям впервые удалось выявить сходство и различие четырех копий каждой хромосомы в этой культуре. Они обнаружили, что во всех вариантах присутствует только 54 % ​​из 38214 генов, последовательности ДНК которых почти идентичны.

Но как бы ни были похожи эти версии хромосом, вариации в остальных 46 % генах столь же велики. Примерно половина последовательности ДНК каждого из этих гаплотипов сильно изменена инверсиями, вставками или дополнительными копиями определенных участков.

Ученые предполагают, что этот широкий диапазон вариаций связан с частыми скрещиваниями с дикими родственниками картофеля в ходе одомашнивания этого растения. Теперь, когда известны все четыре гаплотипа, то есть все варианты хромосом, можно тестировать новые комбинации генов и выводить оптимизированные сорта картофеля.

Источник: scinexx.de