Повсюду нас ждут неизвестные бактерии

Более трех лет исследователи собирали образцы в метро и в пригородных поездах по всему миру и искали в них бактерии. Они обнаружили тысячи неизвестных микробов, а для многих мест - очень типичное сочетание видов, используя их генетические следы.

Международная группа ученых опубликовала новый промежуточный отчет в научном журнале Cell. В рамках трехлетнего проекта команда собрала более 5 000 образцов мазков со всех видов поверхностей метро, вокзалов, больниц, а затем проанализировала в лаборатории обнаруженные в них фрагменты ДНК. В данных из 60 городов и 32 стран были найдены последовательности 10 928 штаммов вирусов, а также 748 штаммов бактерий, еще не внесенных в справочную базу.

Однако интересны не только новые находки в отдельных образцах. Достижения в области аналитических технологий позволяют делать выводы о конкретном составе микробиома в том или ином месте. Одним из примеров являются образцы обуви городского жителя: появление отдельных редких видов бактерий в типичной смеси создает бактериальный "отпечаток пальца", который исследователи могут использовать для предсказания города, в котором ходил ее владелец, с точностью около 90 %.

Микробиом местности формируется под влиянием таких факторов, как общая численность и плотность населения, высота над уровнем моря, близость к океану и климат - все они вносят свой вклад в типичную картину. Образец из прибрежной зоны может содержать микробы, любящие соль, а из густонаселенного города иметь поразительное видовое разнообразие.

Максимально полный анализ микрофауны конкретного участка может помочь более точнее понять распространение устойчивости к антибиотикам. В ходе исследований выяснилось, что определенные гены резистентности чаще встречаются в бактериях некоторых городов. На этой основе ученые теперь могут исследовать, как и почему определенные виды устойчивости распространяются в некоторых областях.

В будущем группа планирует исследовать не только последовательности ДНК, но и генетические следы РНК-вирусов. Это также позволит обнаруживать в городах патогены с РНК-геномами, такие как Sars-CoV-2.

Источник: spektrum.de